現在のワクチンと重症AEDM（急性散在性脳脊髄炎）との因果関係があるとの判断から現在は積極的な接種が差し控えられていますが、ワクチンが原因であるという証明はなされていません。また、予防接種からAEDMが起こるとされている頻度は70〜150万回に１回といわれていますが、実際は300万〜500万に1回ということで、他のワクチンによるADEMの発生頻度と大きな差はないようです。また、5歳以下の子供の日本脳炎ウイルスの抗体価は低く免疫がないため、かつてのように子供の日本脳炎が増える可能性もあります。なお、新ワクチンは2009年発売予定ですが、現在のワクチンで接種することも可能です。ただ、現行ワクチンの来年度在庫は全国で70万本と本年度の半分と少なくなっています。